La filière BCPST (trois classes en 1ère puis en 2nde année – Il n’existe pas de classe étoilée en BCPST) offre une formation scientifique équilibrée entre les matières expérimentales (physique, sciences de la vie et de la Terre), les mathématiques et les matières littéraires.
Elle est ouverte aux bacheliers S peu importe leur spécialisation. L’anglais est obligatoire en LV1, il est possible de prendre allemand ou espagnol en LV2.
Saint-Louis est classé chaque année parmi les trois lycées obtenant les meilleurs résultats aux concours (source : l’Étudiant. moyenne des dernières années). En moyenne, 92% des élèves inscrits en 2nde année sont admis dans une école, 80% des élèves en intègrent une.